Сын священника о. Павла Мануйлова и Анна Константиновны (урожд. Григорьевской). В 1918 окончил Первую Воронежскую гимназию, а в 1924 закончил обучение на агрономическом факультете Воронежского сельскохозяйственного института. Женился на дочери протоиерея М. Тучнева.

Эмигрировал во время Второй мировой войны. Был псаломщиком на разных приходах в Германии. После смерти жены (15.02.1953), по совету духовника, архиепископа Брюссельского и Западно-Европейского Иоанна (Максимовича), Алексей Петрович в обители преп. Иова Почаевского (Мюнхен) 03.05.1954 принял постриг в монашество с именем Митрофана. 04.05.1954 хиротонисан во чтеца, а 05.05.1954 в иподьякона и рукоположен в сан диакона. 06.05.1954 рукоположен в сан иеромонаха. Хиротонию совершил архиепископ Иоанн (Максимович). С 14.12.1954 до 24.02.1958 – настоятель церкви Воскресения Христова в г. Тунисе. Также обслуживал общину в г. Бизерте (Тунис).

16.09.1957 награждён набедренником и золотым наперсным крестом. С 1958 по 1961 был помощником настоятеля храма Всех святых и земле Российской просиявших в Париже. Был законоучителем в Русском кадетском корпусе в Версале. С 31.01.1961 по 01.10.1964 являлся настоятелем храма Всех святых в земле Российской просиявших в Париже. 01.04.1961 архиепископом Брюссельским и Западно-Европейским Иоанном (Максимовичем) возведен в сан игумена в Лесненской женской обители.

В 1964 переехал в США. С 10.10.1964 был настоятелем Св.-Тихоновского прихода в Сан-Франциско. 26.11.1964 архиепископом Сан-Францисским и Западно-Американским Иоанном (Максимовичем) назначен членом Строительного совета кафедрального собора в честь иконы Пресвятой Богородицы Всех скорбящих Радость. 08.02.1966 включен в штат притча нового кафедрального Радостескорбященского собора в Сан-Франциско. С 15.07.1967 являлся настоятелем Св.-Тихоновского прихода в том же городе. В 1967 возведен в сан архимандрита. 30.08.1985 получил канонический отпуск и переместился в Св.-Троицкий монастырь в Джорданвилле. Похоронен на братском кладбище, за алтарем Св.Троицкого храма.