Родился 21 октября 1895 года в старинной духовной семье на Волыни.

Окончил Волынское духовное училище и Волынскую духовную семинарию в Житомире в 1914 году. Затем он обучался на физико-математическом факультете Университета Св. Владимира в Киеве до 1918 г.

12 мая 1920 году он был рукоположен в сан диакона, а 20 мая в сан священника, в Кременце, на Волыни, епископом Кременецким Дионисием (Валединским).

В 1924 по 1928 годы обучался на Богословском факультете Варшавского университета.

Настоятель соборного храма города Острога (затем территория Польши).

Во время Второй мировой войны овдовел, принял монашество.

25 июля 1942 года в Почаевской Лавре хиротонисан во епископа Ровенского (Мануил: Таганрогского). Управлял временно Ростовской епархией. Значится в Таганрогской епархии до 1943 года. Принадлежал к автономной церкви Украины.

В январе 1944 года был эвакуирован в Германию.В августе 1945 года вошёл в состав Русской Православной Церкви Заграницей.

12 декабря 1946 года создана Австралийская епархия РПЗЦ и Феодор (Рафальский) назначен первым её предстоятелем, однако из-за трудностей с визами он прибыл в страну лишь 5 ноября 1948 года.

Русская православная паства в Австралии до 1948 года состояла почти исключительно из эмигрантов, прибывших в эту страну после октябрьского переворота в России и поражения белого движения в Сибири. Паства эта была очень малочисленна. В Австралии существовали только два прихода — в Брисбене и Сиднее, причём церковь была построена только в Брисбене, а в Сиднее существовал домовый храм. Кроме общин в Брисбене и Сиднее, существовали лишь небольшие группы русских православных людей в нескольких других городах и на отдельных фермах. В Австралии на тот момент было незначительное число священнослужителей: архимандрит Феодор, заштатный больной архимандрит Мефодий, протоиерей Валентин Антоньев и заштатный священник юрисдикции митрополита Владимира Иннокентий Серышев, вступивший в юрисдикцию РПЦЗ.

Это положение коренным образом стало меняться, со второй половины 1948 года, когда в Австралию стали прибывать перемещённые лица из Европы и Азии (особенно из Китая), среди которых был большой процент православных. В течение нескольких лет количество православных в Австралии возросло во много раз. Был организован ряд временных церковных общин в лагерях, где временно проживали православные русские эмигранты, до устройства на работу или службу в городах Австралии. Позднее эти общины были расформированы.

В мае 1949 года был организован Николаевский приход в г. Аделаиде (штат Южная Австралия). Несколько позже был открыт Покровский приход в г. Мельбурне (штат Виктория), во втором по количеству населения городе Австралии.Следующим по времени возникновения приходом городского типа явился приход на острове Тасмания, возникший в октябре 1949 года.В конце 1949 года епископ Феодор Архиерейским Синодом был возведён в сан Архиепископа и Указом № 130 от 3/16 февраля 1950 года ему был присвоен титул Архиепископа Сиднейского и Австралийско-Новозеландского.

30 января 1950 года в Сиднее состоялся первый съезд духовенства, который собрал всех пастырей и дал возможность ознакомиться с чаяниями и потребностями верующих выраженных в докладах пастырей.

В апреле 1950 года было дано благословение на создание второго прихода в Брисбене во имя преподобного Серафима Саровского.

В июне 1950 года в 3ападной Австралии в г. Перте был основан Св. Петропавловский постоянный приход.

В сентябре 1950 года священник Алексей Годяев выехал в Новую Зеландию для организации православных общин, который образовал там общины в городах: Веллингтон, Окленд, Крайстчерч и Донидин.

8 апреля 1955 года архиепископа Феодора постиг тяжелый недуг. Скончался 5 /18 мая того же года в Сиднее.

Литература

• Краткая биография Владыки Архиепископа Феодора // Церковная жизнь. — 1948. — № 2-3. — февраль — март
• Кончина Преосвященного Феодора Архиепископа Сиднейского // Православная Русь. − 1955. — № 9. — С. 16
• Слово, сказанное Преосвященным епископом Саввой при отпевании Высокопреосвященного Феодора Архиепископа Сиднейского и Австралийско-Новозеландского. — 7 мая 1955 г., Сидней // Православная Русь. — 1955. — № 10. — С. 9
• Н. Г. Ещё об Архиепископе Феодоре Австралийско-Новозеландском // Православная Русь. — 1975, 21. — С. 11
• Суворов И. Н. Краткая биография Владыки Архиепископа Феодора // Австралиада. Русская летопись. — 1998. — № 15. — С. 10
• Суворов И. Н. Окончание краткой биографии Владыки Архиепископа Феодора // Австралиада. Русская летопись. — 1999. — № 19. — С. 19-21
• Протопопов М., священник. Архиепископ Феодор Рафальский. 1895—1955. — Мельбурн, 2000
• Феодор (Рафальский) // Феодосий (Процюк), митрополит. Обособленческое движение в Православной Церкви на Украине. — М.: Издательство Крутицкого подворья; Общество любителей церковной истории, 2004. — С. 596